Depuis l’avénement des antibiotiques, l’une des innovations les plus marquantes de la science, la médecine moderne nous a appris à associer la présence de bactéries dans notre corps à une état d’infection et de maladies.

Pourtant, cette vue réductive a commencé de changer dès les années 2000 avec l’émergence d’études concernant le microbiome humain. Actuellement, cette recherche est en croissance exponentielle. 

Le microbiome est définit comme une communauté complexe de microbes qui habite une zone spécifique de notre corps. Vous en avez certainement entendu parler, du moins sous le nom de flore intestinale. Le microbiome s’étend bien au-delà de nos intestins. Sur cette page, nous nous limiterons à sa présence dans le système gastro-intestinal.

Le microbiote humain affecte dans une large mesure la physiologie de l’hôte. Des trillions de microbes colonisent le corps humain, notamment des bactéries, des archées, des virus et des microbes eucaryotes. Certains chercheurs pensent qu’il y a 10 fois plus de cellules microbiennes que de cellules humaines dans notre corps. Notre organisme contient au moins 1000 espèces différentes de bactéries connues et porte 150 fois plus de gènes microbiens que l’ensemble du génome humain.

La composition et la fonction microbiennes diffèrent selon le lieu, l’âge, le sexe, la race et le régime alimentaire de l’hôte.

Notre microbiome intestinal participe à de nombreuses fonctions essentielles:

• métabolise des composés indigestes, comme les fibres
• fournit des nutriments essentiels
• protège contre la colonisation par des microbes pathogènes
• produit des d’acides gras à chaîne courte (AGCC), qui servent de source d’énergie à l’épithélium intestinal, et jouent un rôle dans la régulation de la motilité intestinale, de l’inflammation, et de l’homéostasie du glucose.
• Fournit des vitamines à l’hôte, telles que les folates, la vitamine K, la biotine, la riboflavine (B2), la cobalamine (B12) et peut-être d’autres vitamines B. 
• stimulen le développement normal des systèmes immunitaires humoral et cellulaire des muqueuses.
• génère une réponse tolérogène qui agit sur les cellules dendritiques intestinales et inhibe la voie anti-inflammatoire des cellules T de type 17 (Th17) qui favorisent l’auto-immunité.

Cependant, tous les microbiotes ne sont pas bénéfiques pour la santé. Certains induisent une inflammation dans certaines conditions. Lorsque notre microbiote se déséquilibre ou perd de sa diversité et devient malsain pour notre santé, nous appelons cela une dysbiose intestinale.

La dysbiose intestinale peut se développer à la suite d’un régime alimentaire malsain et inflammatoire, de sensibilités alimentaires, d’antibiotiques, d’une prolifération bactérienne, de levures ou de champignons, d’une mauvaise circulation de la bile, d’un f